Божидар Йотов е роден през 1958 г.
Завършил е юридическия факултет на СУ "Св. Климент Охридски" със степен магистър, специалност "Право".
Божидар Йотов има стаж като адвокат в областта на гражданското право, заемал е пост на началник отдел в Министерство на транспорта в областта на транспортната политика.
За период от една година работи като началник отдел "Служебен контрол" в НАПИ, а от август месец 2009 г. е заместник-изпълнителен директор на агенцията.
След обнародването на промените в Закона за пътищата през септември 2009 г. Божидар Йотов е назначен за член на Управителния съвет на АПИ, а в края на октомври 2009 г. встъпва в длъжност председател на Управителния съвет на агенцията.