На 21 май трябва да бъдат отворени офертните предложения по изграждане на сероочистващи инсталации на блокове 5 и 6, за които е осигурено финансиране в размер на 80.3 млн. евро. От тях 34 млн. евро са заем от Европейската банка за възстановяване и развитие, 36.1 млн. евро са безвъзмездна помощ от ИСПА, а 10.1 млн. евро са собствени средства на дружеството. Консултант по проекта е консорциум с участието на AF Enprima LTD, Fihtner GmbH&Co KG, "Институт по енергетика" АД, Chemoproject A.S., "Комплект консулт" ООД. "Риск инженеринг" АД извършва оценка за съответствието на инвестиционния проект със съществените изисквания, упражняване на строителен надзор и издаване на разрешение за ползване, консултантски и инженерни услуги съобразно изискванията на ФИДИК за проект "Рехабилитация на блок 1-6 в ТЕЦ "Марица-изток 2" ЕАД". Договорът е сключен през юни 2005 г. и ще продължи до завършването на рехабилитационната програма. Главен изпълнител на консултантския договор по рехабилитационната програма на ТЕЦ "Марица-изток 2" ЕАД е фирмата "Парсънс И&СИ България" ЕООД, която е дъщерна на американската фирма Parsons E&C. "Риск инженеринг" е главният подизпълнител на "Парсънс И&СИ България". Проектът е разделен на десет етапа, така че разрешенията за ползване се издават поетапно. Инсталациите трябва да бъдат въведени в действие през ноември 2010 г.
За да отговори на европейските изисквания за чиста околна среда и за да оптимизира работата на съоръженията, ТЕЦ "Марица-изток 2" стартира два мащабни проекта - проект за рехабилитация на блокове от 1 до 4 и изграждане на сероочистващи инсталации на блокове 1 и 2, 3 и 4 и проект за изграждане на сероочистващи инсталации към блокове 5 и 6. Рехабилитационните дейности на блокове 1-4 включват подмяна на турбини на блокове 1, 3 и 4 с нови и повишаване на мощността на изхода на тези блокове от 150 MW на 177,37 MW, подмяна на генератори на блокове с номера 1, 2, 3 и 4, на кондензатори за блокове с номера 1, 3 и 4, подмяна на регенеративни подгреватели за блокове 1, 3 и 4, на системата за управление на турбините с цифрова електрохидрав­лична командна система за блокове 1, 3 и 4, както и изграждане на инструментална система за наблюдение на турбината за блокове 1, 3 и 4. Целта е да се редуцират вредните емисии на изходящи газове и концентрацията на прах, като емисиите от серен диоксид ще бъдат намалени с 94%.
Проектът за рехабилитация на блокове 1-4, изграждане на сероочистка на блокове 1 и 2 & 3 и 4 и модернизация на блокове 5 и 6 на ТЕЦ "Марица-изток 2" официално стартира на 4 октомври 2004 г., а фактически - в края на 2005 г. със спирането на мощности за рехабилитация. Общата стойност на проекта е 226 млн. евро, от които 191 млн. са осигурени от Японската банка за международно сътрудничество чрез държавно гарантиран заем, а останалите 35 млн. са чрез финансиране от Уникредит Булбанк. Предвижда се подмяна на турбините на блокове 1, 3 и 4 и на генераторите на блокове 1-4 с нови от TOSHIBA. За изпълнението на проекта са ангажирани японската корпорация Mitsui & Co. Ltd, Toshiba Corporation като производител на основно оборудване в част "Турбини и генератори", както и Ishikawajima Harima Heavy Industries Co. Ltd (IHI) за част "Сероочистващи инсталации". Блок 2 е в експлоатация от началото на 2007 г., а блок 1 - от първите дни на август същата година.
През 2007 г. дружеството е изпълнило инвестиционна програма в размер на 118.8 млн. лв., като 36 млн. лв. са били собствените средства, а 81.9 млн. лв. са валутен кредит. Сероочистващите инсталации ще гарантират 94-процентово улавяне на серните диоксиди. В рамките на цялостната си екологична програма и в съответствие с комплексното си разрешително дружеството ще изгради депо за неопасни отпадъци на стойност 44 млн. лв. и инсталация за обезводняване на суровия гипс от пречиствателните инсталации на блокове 5 и 6 за над 22 млн. евро.
При финализирането на проекта за модернизация и рехабилитация на всички съоръжения ТЕЦ "Марица-изток 2" ще има обща мощност 1556 MW. Проектът за рехабилитация на цент­ралата започна още преди две години. Закъснението в рехабилитацията на първите четири мощности, която се извършва от японската компания "Мицуи", е над 10 месеца, заради него не може да стартира и монтирането на сероочистващи инсталации. Причината е изработването на проектите за рехабилитацията, без които не може да бъде издадено разрешително за строителство, освен това изпълнителят е поискал увеличение на стойността на проекта и нови срокове. През миналата година централата плащаше санкции до 50-70 хил. лв. на месец за екологични щети.

Проекти с финансиране от фонд "Козлодуй"
Вмомента в централата се реализира и проект по одобрената през юни 2007 г. от международния фонд "Козлодуй" безвъзмездна помощ в размер на 19.5 млн. евро. Сумата е предназначена за два проекта - изграждане на инсталация за обезводняване на гипс и рехабилитация на циркулационна помпена станция. За двата проекта ще се ползват услугите само на един консултант, а фирмите, които ще кандидатстват за изпълнители, ще бъдат избрани чрез прилагане на правилата на Европейската банка за възстановяване и развитие, преминавайки през предварителен подбор. Към настоящия момент работата по проектите е на етап изготвяне на тръжни документи и осъществяване на тръжни процедури по избор на изпълнители. Инсталацията за обезводняване на гипс ще бъде пусната в експлоатация до средата на 2010 г., но е възможно да заработи още през първото тримесечие на същата година. Съоръжението ще обезводнява гипсовата суспензия, произвеждана от сероочистващите инсталации, които предстои да бъдат изградени към блокове от 1 до 6. Предвижда се рехабилитацията на циркулационната помпена станция, която подава вода към блокове от 1 до 4, да приключи през 2009 г. Фонд "Козлодуй" е учреден, за да подкрепя екологични и енергоспестяващи проекти, както и разработки, свързани с повишаване на мощностите на енергийните производства. Целта е да се компенсира недостигът на електроенергия, предизвикан от затварянето на малките блокове на атомната електроцентрала.